祁家的世代藏书，江东数第一，筑有藏书楼“澹生堂”，祁承爜编有《澹生堂藏书目》14卷，收书九千余种，10万余卷。堪与宁波范家的天一阁藏书楼相媲美。祁承爜是著名的目录学家，著有《澹生堂藏书约》《庚申整书小记》《庚申整书略例》等目录学专著，提出了系统的目录分类、著录理论和方法。主张图书分类要有“因”“益”，著录要“通”“互”。“因”就是继承经、史、子、集的成例；“益”就是在四部之下要增益小类；“通”就是在书目著录中对于附载于它书的图书要“分载”；“互”就是对于跨类的图书要在有关各类中互见。对于图书的编目，他认为应该“审轻重、辨真伪、核名实、权缓急而别品类”。他的这些理论和方法，绝大部分至今仍然适用。祁承爜著有《澹生堂集》《牧津》《两浙著作考》等43种、229卷，还著有《国朝徵信丛录》《诸史艺文钞》等专著。
祁承爜一生澹泊名利，埋首书巢，读书、聚书、藏书、著书，为此而殚精竭虑，耗尽心血。他的祖父是进士，父亲曾就读于国子监，书香门第的熏陶，使他自幼便对书情有独钟。小孩子们玩的吹笙、摇鼓游戏，他不感兴趣，却喜欢躲在一旁翻看图书。那时，他家的图书收藏在楼上卧室里，他经常一个人上楼看书。因为太小，还看不懂书中的内容，但他喜欢翻看、浏览、用手抚摩，爱不释手。他的母亲催促他上学，他总是不肯下楼，为此常遭到家人的呵斥。青年时代，他对书更加痴爱。有一次听说杭州的一家书坊刻印有活字版通史，印数仅一百多部，而且一售而光。他专程去杭州买回一部。见到这部书，他欣喜异常，如饥似渴地日夜研读，仅仅一个月的时间就读完了。因为用脑过度，他患了严重的神经衰弱症，几个月夜不能寐，差点丧了命。长大成人后，他之爱书到了“饥以当食，寒以当衣，寂寞以当好友”的程度。为了购书，“十余年来，馆谷之所得，禀粥之所余，无不归之书者。”（祁承爜《澹生堂藏书约》）有时手头拮据，他便典当妻子的头面首饰。祁承爜曾多次到杭州应试，每次去杭州，他都把觅书当做头等大事，四处寻访书肆，足迹踏遍小巷深衢。每当遇到珍本，往往不惜重价购买。只要是异本图书，哪怕是老鼠咬残，蠹鱼蛀蚀，他都会珍重买归，并亲手修补完好。他认为：“慨遗书之难遇，残阙必收；念物力之不充，鼠蠹并采。或补缀而成鹑结之衣，或借录而合延津之剑……”（《庚申整书小记》）悠悠十余年，祁承爜已聚书数万卷。不幸的是，万历二十五年冬，家仆用火不慎，燃起一场大火，瞬间将全部藏书化为灰烬。自万历二十六（1598年）至四十一年（1613年），祁氏曾在几个省做官，每到一地，便搜集当地珍本异书。俸禄所得，除供应日常生活之需外，尽数用于购书。他在河南按察佥事副使任上时，一次发回书共八箧。为了寻求秘帙珍籍，他跋涉万里之遥，自称：“奇书未获，虽千里以必求；异本方来，即片札之必珍。近而渔唱，远及鸡林，往往聚海外之编摩，几不减域中之著作。”（《庚申整书小记》）经过近三十年的努力，祁承爜的藏书又日渐丰富，竟至超过旧日，达十万卷之多。祁氏爱书聚书倾尽了毕生心血，真是：“一生精力，耽耽简编，肘敝目昏，虑衡心困，艰险不避，讥诃不辞，节缩饔餐，变易寒暑，时复典衣销带，犹所不顾。”（《澹生堂藏书约》）比当时曾“雄视东南，威震海宇”的天一阁，还多三万余卷。这在明朝末年的浙江一带，是十分罕见的。