嘉靖四十一年（公元1562年），海瑞在淳安任上颇有政绩，组织决定再次提拔，升他为浙江嘉兴府通判。但因为他得罪了“中央”的领导，也就是鄢懋卿，受到他的党羽弹劾，于是被取消任命。没过多久，喜大普奔的好事传来，严嵩下台了，鄢懋卿这位严党人士也没有好下场。嘉靖四十三年（公元1564年）十月，海瑞被调到北京任职，担任户部云南清吏司主事。多年的基层管理经验，使海瑞对民间疾苦多有了解，而人治社会中，百姓所遭受的苦难，都与大明最高行政长官——嘉靖皇帝有很大关系。如果皇帝可以放弃修玄等不切实际的想法，励精图治，也许国家的形势能有转机，老百姓的苦难也能够得到缓解。
与官场为敌
他写好了《治安疏》，找到一位关系要好的朋友，掏出毕生积蓄20两白银，将一家老小都托付给对方了。明朝公务员收入低，想要过上更好的生活，必须掌握一定的实权，弄些见不得人的钱款。海瑞向来清贫，不愿意贪污受贿。他家里吃的菜都是自己种的，一年吃肉的次数屈指可数。某年，胡宗宪突然对部下说：有个大新闻，你们知道吗？海瑞买肉了！他竟然买肉了！因为他母亲谢女士过生日，大孝子海瑞不得不破例。这位朋友刚开始很奇怪，没病没灾的，怎么突然就托孤了，看完了《治安疏》，不禁感叹一声：何至于此！妻子知道海瑞在地摊上买了副棺材，也感觉很纳闷，丈夫这是哪根筋搭错了！仔细一问，哭得死去活来，好好的日子不过，官也不当，非要去怼皇帝，世界上还有比你更“傻”的人吗？