刚宣读完，载垣、端华就闯入宫内，见到奕等王公大臣都在场，非常意外，大声质问道：“外廷臣子，何得擅入？”奕脱口而出：“皇上有诏。”载垣一听，摸不到头脑，竟然指责两宫太后不该召见外臣。两宫太后大怒，立即下了一道谕旨，将载垣、端华、肃顺革去爵职拿问，又将正在回京路上的肃顺革职拿问。肃顺这才如梦方醒，被抓时大骂道：“悔不早治此贱婢！”
慈禧与奕对八大臣痛恨至极，尤其对肃顺恨之入骨，判载垣、端华自尽，肃顺处以斩刑；在通往刑场的大街上，肃顺一路破口大骂慈禧与奕，刑场上立而不跪，刽子手用刀柄敲断他的两条腿，方才跪下。后来载垣、端华都恢复了王爵，由子孙承袭。慈禧对景寿等五大臣网开一面，先是革职发配，后改免于发配，仅革职降级了事；其余与八大臣有瓜葛的官员一律不株连，免于处罚，以笼络人心，稳定政局。
慈禧以铁血手段，摧毁八大臣，扭转乾坤，文武百官无不敬畏，胜保等人乘机上疏，请两宫太后从速听政。接着，慈禧在众大臣的支持下，宣布废除八大臣原拟的“祺祥”年号，改明年(1862年)为同治元年。加封恭亲王奕为议政王大臣，军机大臣领班，奕譞、文祥、胜保等人也得以加官晋爵。至此，载淳奉慈安皇太后、慈禧皇太后御养心殿垂帘听政。皇太后垂帘听政，这在中国历史上实属空前绝后。