然而这还只是寄生虫推动宿主形成新物种的诸多方式中的一种。例如，基因寄生虫能够加速宿主的演化。为了演化的发生，基因必须产生新的序列。普通的突变能够得到这个结果，比方说来自外太空的宇宙射线偶然间撞击了DNA，或者细胞分裂时基因不小心插错了位置。但是在基因寄生虫的帮助下，突变还能发生得更加频繁。基因寄生虫在细胞染色体之间或物种之间跳跃时，有可能把自己嵌入一个新基因之中。这种粗鲁的穿插通常会引起麻烦，就像你把一串随机指令塞进电脑程序的中间。但是，这种干扰偶尔也会变成好事——演化意义上的好事。被打乱的基因有可能会突然能够制造一种新蛋白质，发挥新的作用[46]。似乎正是基因寄生虫的一次盲目跳跃使得我们能够更有效率地抵御寄生虫。有迹象表明，制造T细胞和B细胞上的受体基因是由基因寄生虫凭空创造出来的[47]。
基因寄生虫一旦在新宿主体内确立地位，它就有可能扰乱整个物种的统一性[48]。基因寄生虫的标准结局是在宿主的后续代际中爆发性增长，将自己嵌入数以千计的位点。随着时间的推移，携带基因寄生虫的宿主会自行分化为独立的种群——不是不同的物种，而是倾向于在群体内交配繁殖的群体。这时，基因寄生虫会继续在它们的DNA中前后跳跃。这种跳跃在每个种群中都会有所区别，因此会导致彼此基因的差别越来越大。到了最后，当两个种群中的罗密欧和朱丽叶相遇并试图交配时，各自不同的基因寄生虫集合会让两者互不相容。基因寄生虫使得宿主的不同种群难以混合基因，从而推动宿主分裂形成新的物种。