董卓作乱的时候，地方上很多掌握兵权的人联合起来组成反董卓同盟，向他开战。曹操也参加了，但他威望不够，盟主的位子让给了家门显赫的袁绍坐。董卓把都城迁到长安后，同盟军谁都不敢追击，只有曹操带领人马西进。在战斗中，曹操负了伤，和敌人打了个平手。
官渡之战示意图
同盟解散后，曹操将河南作为自己的根据地，在那里招兵买马，打败了黑山贼，壮大了自己的实力。没过多久，曹操率领部队打败了青州的黄巾军，收降了30多万士兵，将其发展成一支极其强大的武装力量，称为青州兵。
汉献帝因为战乱而被迫四处逃难，曹操抓住这个机会将汉献帝接到了自己控制的许都，从此取得“挟天子以令诸侯”的政治优势。吕布打败了刘备，刘备来投奔曹操。别人劝曹操将刘备杀掉，曹操拒绝了。没过多久，曹操征讨张绣，张绣投降后又反叛，曹操猝不及防，吃了败仗，大儿子曹昂和侄子曹安民都战死了，曹操也被箭射伤，好不容易才逃走。曹操对部将说：“我错就错在接受张绣投降的时候没有问他要人质。我现在知道失败原因了，你们等着瞧，我以后不会再有类似的失败了。”
曹操非常重视人才。当年他举荐魏种为孝廉，一直认为魏种对他是很忠心的。兖州叛乱的时候，他说：“只有魏种不会背弃我。”谁知道魏种早就跑了。曹操觉得很没面子，发怒道：“魏种，除非你跑到胡、越这种我去不了的地方，否则我绝对不会放过你！”后来魏种为曹操俘虏，曹操却说：“我只是考虑到他是个人才啊。”吩咐给魏种松绑，并继续任用了他。